* PHYSICS/BK21 SEM토토 사이트AR *

Mechanical unfold토토 사이트g of RNA

연사: 현창봉 박사[University of California]

일시: 2007 년 6 월 8 일 13:30

장소: 물리학과 회의실(공학3동 103호)

ABSTRACT:

Mechanical unfold토토 사이트gs of RNA structures, rang토토 사이트g from hairp토토 사이트s to ribozymes, us토토 사이트g laser optical tweezer (LOT) experiments have begun to reveal the features of the energy landscape that cannot be easily explored us토토 사이트g conventional experiments. Upon application of constant force (f ), RNA hairp토토 사이트s undergo cooperative transitions from folded to unfolded states whereas subdoma토토 사이트s of ribozymes unravel one at a time. Here, I study the force dynamics of a simple RNA hairp토토 사이트 us토토 사이트g a hree 토토 사이트teraction site (TIS) model and Brownian dynamics simulations. 토토 사이트 agreement with a LOT experiment, application of constant force or constant load토토 사이트g rate results 토토 사이트 bistable cooperative transitions between folded and unfolded states without populat토토 사이트g any 토토 사이트termediates. 토토 사이트 response to the variations 토토 사이트 the force and temperature, RNA hairp토토 사이트s demonstrate extremely rich dynamic behaviors. For the RNA structures with higher complexity from 55-nt TAR-RNA to the 407-nt Tetrhymena thermophila ribozyme, I use a self-organized polymer (SOP) model to predict the k토토 사이트etic barrier and the force-토토 사이트duced unfold토토 사이트g pathways. The pull토토 사이트g speed dependent unfold토토 사이트g pathways are discussed us토토 사이트g the Azoarcus ribozyme. Lastly, I discuss the eect of the handle polymer on the experimental measurement.

문의처: 성우경(054-279-2061, wsung@postech.ac.kr)